In der täglichen grenzüberschreitenden Arbeit hat sich die EUREGIO EGRENSIS mehrere Schwerpunkte gesetzt. Im Mittelpunkt steht der Abbau von Vorurteilen und Vorbehalten in der Bevölkerung gegenüber dem Nachbarland. Hierzu initiiert die Euregio zahlreiche Begegnungsprojekte v.a. für Kinder und Jugendliche. In Zusammenarbeit aller drei Arbeitsgemeinschaften findet jährlich das Jugendsommerlager statt. Ein besonders wichtiges Projekt zwischen den Arbeitsgemeinschaften Bayern und Böhmen ist das Bayerisch-Tschechische Gastschuljahr.
Zur Überwindung der Folgen der bisher trennenden Grenzen in der Mitte Europas ist die EUREGIO EGRENSIS auch im Bereich der touristischen Entwicklung aktiv. Die EUREGIO EGRENSIS Arbeitsgemeinschaft Bayern arbeitet hier eng mit den zuständigen Kommunen und Tourismusverbänden zusammen, um grenzüberschreitende touristische Angebote zu fördern, um somit das Kennenlernen der nahen Nachbarregionen zu erleichtern. Projekte sind grenzüberschreitende Radwege sowie Kartenmaterial zur Region.
Nach dem Beitritt Tschechiens zur EU spielt aber auch insbesondere der Abbau der Sprachbarriere eine zentrale Rolle. Die EUREGIO EGRENSIS will daher mit einer breit angelegten Sprachoffensive einen Bewusstseinswandel anstoßen.