Grenzüberschreitende Kooperationen sind eine wichtige Basis der Zusammenarbeit. Es gibt sie zwischen Städten und Gemeinden beiderseits der Grenze („Kommunalpartnerschaften“) sowie zwischen Behörden (z. B. CLARA@eu, Clara2), Vereinen oder Schulen.
Die EUREGIO EGRENSIS fördert deutsch-tschechische Kontakte und Partnerschaften auf allen Ebenen. Die Methoden sind vielfältig. Die EUREGIO EGRENSIS gibt hierzu z. B. Broschüren heraus und veranstaltet Konferenzen oder Bürgermeisterexkursionen. Kommunen, Behörden, Schulen oder Vereine, die mit tschechischen Organisationen Partnerschaften aufbauen möchten, können sich gerne an die EUREGIO EGRENSIS wenden, die sich um eine individuelle Kontaktaufnahme bemüht.