Im Gebiet der EUREGIO EGRENSIS kommen verschiedene Fördermittel für die Finanzierung eines grenzüberschreitenden Projektes in Frage. Wichtigster Zuschussgeber ist die Europäische Union (EU). Die EU unterstützte in der Förderperiode 2000-2006 grenzüberschreitende Projekte zwischen Deutschland und Tschechien über die Gemeinschaftsinitiative INTERREG III. In der Förderperiode 2007-2013 kam das Ziel-3-Programm „Europäische territoriale Zusammenarbeit“ (auch INTERREG IV genannt) zum Einsatz. Dabei wird zwischen Großprojekten (zuständig: regionale staatliche Stellen) und Kleinprojekten (zuständig: Euregios) unterschieden.
Am 19.06.2015 wurde das Nachfolgeprogramm "Ziel ETZ Freistaat Bayern-Tschechische Republik 2014-2020 (INTERREG V)" offiziell vorgestellt.
Je nach Mitgliedstaat und Bundesland gibt es eigene Vorschriften zur Umsetzung und Abwicklung der europäischen Fördermittel. Die Förderung ist auf festgelegte Gebiete beschränkt. Die EUREGIO EGRENSIS mit ihren bayerischen, böhmischen und sächsisch-thüringischen Teilen liegt vollständig im Fördergebiet. Entscheidend bei der Antragstellung ist, in welchem EU-Mitgliedstaat bzw. Bundesland der Projektträger seinen Sitz hat und wo das Projekt durchgeführt wird. Entsprechende Informationen zum Förderverfahren in Sachsen, Thüringen und Böhmen finden sich auch auf den Internetseiten der jeweiligen Arbeitsgemeinschaft der EUREGIO EGRENSIS.
Grundlegende Informationen zum neuen bayerisch-tschechischen INTERREG-Programm erhalten Sie auf den Seiten des Bayerischen Staatsministeriums für Wirtschaft und Medien, Energie und Technologie.
Informationen für sächsisch-tschechische Projekte erhalten Sie über das Gemeinsame Technische Sekretariat in Dresden.
Daneben werden grenzüberschreitende Projekte auch vom Deutsch-Tschechischen Zukunftsfonds unterstützt. Die Fördermittel des Deutsch-Tschechischen Zukunftsfonds werden über die Bundesrepublik Deutschland und über die Tschechische Republik zur Verfügung gestellt. Informationen über das Antragsverfahren sowie über bereits geförderte Projekte findet man auf den Internetseiten des Zukunftsfonds.