Die EUREGIO EGRENSIS besteht aus drei rechtlich selbstständigen Arbeitsgemeinschaften: EUREGIO EGRENSIS Arbeitsgemeinschaft Bayern e. V., EUREGIO EGRENSIS Arbeitsgemeinschaft Sachsen/Thüringen e. V. und EUREGIO EGRENSIS Arbeitsgemeinschaft Böhmen. Die beiden deutschen Arbeitsgemeinschaften sind als eingetragene und gemeinnützige Vereine organisiert, die böhmische Arbeitsgemeinschaft als Kommunalverband, also als Vereinigung von Städten und Gemeinden.
Jede der drei Arbeitsgemeinschaften hat ein eigenes Präsidium bzw. einen Vorstand, der für die Geschicke des Vereins bzw. des Verbandes verantwortlich ist. Darüber hinaus verfügt jede Arbeitsgemeinschaft über eine Geschäftsstelle (Marktredwitz, Plauen, Karlsbad), die jeweils mit einem hauptamtlichen Geschäftsführer und weiteren Mitarbeitern/-innen besetzt ist.
Die Leitlinien für die Arbeit der Gesamt-Euregio gibt das Gemeinsame Präsidium vor. Es besteht aus jeweils drei Vertretern der Präsidien der drei Arbeitsgemeinschaften und wird durch die Geschäftsstellen unterstützt. Ein Repräsentant aus einer der drei Arbeitsgemeinschaften wird jeweils für etwa zwei Jahre zum Vorsitzenden des Gemeinsamen Präsidiums der EUREGIO EGRENSIS gewählt.
In der Arbeitsgemeinschaft Bayern wählen die Mitglieder alle drei Jahre das Präsidium, das aus insgesamt 12 Persönlichkeiten aus Kommunalpolitik, Wirtschaft und Hochschulen besteht. Das Präsidium der bayerischen Arbeitsgemeinschaft wurde erstmals im Rahmen der Mitgliederversammlung 1992 gewählt.
Seit dem 27.01.1992 bis zum 30.10.2020 vertrat Dr. Birgit Seelbinder, Altoberbürgermeisterin der Stadt Marktredwitz, als Präsidentin die Interessen und Belange der EUREGIO EGRENSIS AG Bayern. Ab November 2020 übernimmt Peter Berek, Landrat des Landkreises Wunsiedel, das Amt des Präsidenten der EUREGIO EGRENSIS AG Bayern. Seine beiden Stellvertreter sind Roland Grillmeier (Landrat des Landkreises Tirschenreuth) und Klaus Peter Söllner (Landrat des Landkreises Kulmbach).
Die Geschäftsstelle der EUREGIO EGRENSIS Arbeitsgemeinschaft Bayern ist derzeit mit einem Geschäftsführer, vier wissenschaftlichen Mitarbeiter(inne)n sowie einer kaufmännischen Mitarbeiterin besetzt. Zwei tschechische Mitarbeitende sind für den Kleinprojektefonds in Tschechien zuständig.
Der Vorsitz im Gemeinsamen Präsidium der EUREGIO EGRENSIS wechselt alle zwei Jahre zwischen den drei Arbeitsgemeinschaften. Seit Dezember 2023 hat der Landrat des Vogtlandkreises, Thomas Hennig, den Vorsitz im Gemeinsamen Präsidium inne, der das Amt von Roland Grillmeier, Landrat des Landkreises Tirschenreuth übernahm.
Zur Erfüllung ihrer Aufgaben hat die EUREGIO EGRENSIS Arbeitsgemeinschaft Bayern vier Arbeitskreise gebildet:
- Wirtschaft, Verkehrswesen, Arbeitsmarkt, Infrastruktur
- Umweltschutz, Ökologie
- Fremdenverkehr, Erholung, Touristik
- Kultur, Jugendarbeit und Sport
Diese Arbeitskreise setzen sich überwiegend aus Mitgliedern des Vereins zusammen. Nach Bedarf nehmen an den Sitzungen Vertreter interessierter und beteiligter Organisationen, insbesondere aber auch des Freistaates Bayern, der Bezirksregierungen und anderer Fachstellen oder Behörden teil. Die Arbeitskreise bilden eine wichtige Plattform für den Austausch zwischen der Geschäftsstelle und den Mitgliedern. Daneben gibt es für konkrete, meist größere grenzüberschreitende Maßnahmen grenzüberschreitende Arbeitsgruppen (z.B. Radfernweg, Tourismus-Masterplan).